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小米短信图标消失可能有以下几种原因。
1、可能不小心误删了短信应用图标，可以进入小米的应用商店，搜索短信应用并重新安装。
2、可能存在系统问题导致短信应用图标被隐藏或禁用，可以进入手机的设置，查看应用管理或应用程序设置，查看短信应用的启用状态，如果被禁用，可以启用该应用。
3、可能手机感染了病毒或者安装了某些第三方应用导致短信应用图标消失，可以尝试使用手机的安全中心或者第三方手机杀毒软件进行扫描和清理。
4、也可能是手机系统更新后，新系统对应用的兼容性不佳导致的短信图标消失，这种情况下可以尝试等待系统更新修复，或者备份重要数据后恢复出厂设置。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系小米的客服或者前往小米的售后服务中心以获取更多帮助。